Chaque nouvelle année est l’occasion de faire le point sur la mise en œuvre du dispositif, à la lumière des nouveautés issues de la loi de finances et des dernières précisions administratives.

Plusieurs axes se dégagent cette année, reflétant une tendance générale au durcissement des conditions d’accès au bénéfice du CIR :

une restriction de l’assiette par la loi de finances pour 2020 :

Les dispositions de la loi de finances pour 2020 ont introduit deux limitations visant à réduire l’assiette du CIR.

La première vise le forfait des dépenses de fonctionnement exposées pour les opérations de recherche.

Pour mémoire, l’assiette de calcul du CIR englobe toute une liste de dépenses expressément prévues par l’article 244 quater B du code général des impôts, lesquelles recouvrent principalement les dotations aux amortissements des immobilisations affectées aux opérations de recherche, les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche affectés à ces opérations, ainsi que les dépenses de fonctionnement exposées dans les opérations en cause. Le montant de ces dernières est fixé forfaitairement par référence aux deux premières catégories de dépenses : jusqu’au 31 décembre 2019 les dépenses de fonctionnement étaient ainsi éligibles pour un montant égal à 75 % des dotations aux amortissements et à 50 % des dépenses de personnel incluses dans l’assiette du CIR.

Depuis le 1^er janvier 2020, le forfait afférent aux dépenses de personnel est abaissé à 43 %. Le taux du forfait afférent aux dotations aux amortissements demeure quant à lui inchangé. Cette réduction du forfait des dépenses de fonctionnement, justifiée par une recommandation de la Cour de comptes en ce sens dans un rapport daté de juillet 2013, révèle une volonté de maîtrise de la dépense fiscale qui n’épargne pas le CIR.

La seconde restriction de l’assiette du CIR est ciblée sur les deux sous-catégories du CIR que constituent le crédit d’impôt dit « collection » et le crédit d’impôt « innovation ». Le premier bénéficie aux entreprises industrielles du secteur textile-habillement-cuir qui exposent des dépenses liées à l’élaboration de nouvelles collections, tandis que le second est réservé aux PME qui mènent certaines activités d’innovation (opérations de conception de prototypes ou installations pilotes de nouveaux produits qui ne constituent pas des opérations de recherche éligibles au CIR classique).

La loi de finances pour 2020 a limité dans le temps ces deux dispositifs qui ne seraient plus applicables que jusqu’au 31 décembre 2022. Néanmoins, l’exposé des motifs appelle à tempérer cette restriction puisque l’objectif affiché est de rendre effective l’exigence d’évaluation du crédit d’impôt et de son efficacité, pour permettre au Gouvernement d’évaluer l’opportunité de proroger le dispositif lorsqu’il arrivera à échéance.

Un contrôle étroit des dépenses de sous-traitance :

Les dépenses de sous-traitance d’opérations de recherche incluses dans le CIR font toujours, et de plus en plus, l’objet d’une attention particulière de la part du Législateur et de l’administration fiscale. Le Parlement a d’ailleurs commandé au Gouvernement, pour le 30 septembre 2020, un rapport sur le CIR dans lequel devront notamment figurer des données chiffrées précises sur la sous-traitance d’opérations de recherche.

A cet égard, tant le législateur que l’administration ont renforcé en fin d’année 2019 les mesures de contrôle de ces dépenses.

Le législateur a ainsi introduit une mesure d’aménagement dans la loi de finances pour 2020, visant à lutter contre les abus et détournements qui ont pu être constatés dans le cadre de sous-traitance en cascade, pouvant conduire à ce qu’une même dépense soit prise en compte deux, voire trois fois, au niveau du donneur d’ordre et du sous-traitant de second niveau.

Depuis le 1^er janvier 2020, les opérations de recherche confiées à des organismes sous-traitants, qu’ils soient publics ou privés agréés par le Ministère en charge de la recherche, doivent par principe être réalisées directement par ces organismes. Par « dérogation », ces travaux peuvent être confiés à des organismes remplissant eux-mêmes les conditions pour être sous-traitants en matière de CIR (sous-traitance de second niveau), mais lorsque le sous-traitant à qui les recherches ont été confiées initialement est un organisme public, le donneur d’ordre ne peut alors plus bénéficier du doublement de la prise en compte de ces dépenses dans l’assiette de son CIR.

L’administration a, également, œuvré dans le sens d’un contrôle plus strict des dépenses de sous-traitance. Comme chaque année, le Ministère en charge de la recherche a publié en décembre 2019 un Guide du CIR « conçu comme une aide aux utilisateurs« . Bien que n’ayant pas de valeur normative, l’administration fiscale s’y réfère en pratique régulièrement dans le cadre des contrôles fiscaux. Dans cette dernière version du guide, de nouvelles précisions sont données sur l’éligibilité des dépenses de sous-traitance.

Le Ministère identifie deux formes de sous-traitance : la « sous-traitance de spécialité (dite aussi de complémentarité) » et la « sous-traitance de capacité« . La première répond à un besoin de compétences spécifiques pour réaliser une opération de recherche et développement, dans le cas où le donneur d’ordre n’a pas, en interne, les compétences adéquates pour réaliser l’opération. Des compétences techniques élevées sont exigées du sous-traitant qui assume alors la coordination scientifique de la prestation de recherche. Dans le second type de sous-traitance, le prestataire est un simple exécutant d’une opération définie par le donneur d’ordre qui assure la coordination scientifique de la recherche. Seul le premier type de sous-traitance serait ainsi éligible au CIR. Cette nouveauté du guide 2019 mériterait toutefois d’être confirmée par un juge.

Une exigence de justification des dépenses éligibles plus encadrée :

Le périmètre des entreprises soumises à une obligation de justification du CIR renforcée a également été modifié par la loi de finances pour 2020. Le seuil déclencheur de l’obligation d’information sur les travaux financés par les dépenses incluses dans l’assiette du CIR (dépôt du formulaire 2069-A-1-SD) est relevé de 2 millions à 100 millions d’euros de dépenses. Cela étant, il ne s’agit en pratique pas d’un assouplissement car la loi de finances pour 2019 qui avait procédé au mouvement inverse d’abaissement du seuil de 100 millions à 2 millions d’euros n’a, en pratique, jamais été appliquée. Le champ d’application de cette obligation déclarative renforcée reste donc, de fait, inchangé.

En revanche, les entreprises qui engagent un montant de dépenses de recherche compris entre 10 millions et 100 millions d’euros sont désormais tenues de joindre à leur déclaration de CIR un état précisant, pour l’exercice au titre duquel la déclaration porte, la part de titulaires d’un doctorat financés par ces dépenses ou recrutés sur leur base, ainsi que le nombre d’équivalents temps plein correspondant et leur rémunération moyenne.

Cette nouvelle obligation déclarative ciblée sur des dépenses de personnel susceptibles d’ouvrir droit à une prise en compte pour le double de leur montant dans l’assiette du CIR reflète la volonté du législateur de permettre un meilleur contrôle des éléments de calcul du crédit d’impôt. Dans le rapport commandé au Gouvernement pour le 30 septembre 2020, le Parlement a d’ailleurs souhaité que soient notamment présentés « les abus constatés dans le cadre de vérifications en matière de dépenses de personnel incluses dans l’assiette du crédit d’impôt ». Il est ainsi à craindre que les contrôles du CIR seront de plus en plus stricts en matière de justification des dépenses, notamment de personnel.

L’administration n’est pas en reste, puisque la dernière version du Guide du CIR publiée en décembre 2019 met l’accent, par rapport à la version précédente, sur l’importance de la présentation d’un dossier justificatif exhaustif. Le Guide donne, pour de nombreux types de dépenses spécifiques, de nouvelles précisions concrètes sur les informations attendues dans le dossier. Le dossier justificatif devient ainsi, en pratique, de plus en plus étoffé.

A cet égard, le Guide renvoie, de manière désormais systématique, aux documents modèles mis en ligne sur le site du Ministère en charge de la recherche, à savoir : un dossier de présentation proposant un plan standard à adapter et un tableur Excel ayant vocation à synthétiser l’ensemble des dépenses éligibles au dispositif. Les contribuables ont ainsi tout intérêt à utiliser ces outils qui se veulent pratiques pour faciliter le contrôle de leur CIR par l’administration qui est familière de ces formats.

Article paru dans le magazine Option Finance le 6 janvier 2020

Christophe Vezinhet, avocat associé spécialisé en fiscalité directe

Pauline Mosset, avocat en fiscalité directe

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